施用硼肥最防止油菜萎缩不实症最有效的措施。要根据硼肥的性质、土壤和栽培条件以及油菜硼素的营养特点，合理施用硼肥。
（1）掌握硼肥的种类和性质硼肥属于一种微量高效肥料。与氢、磷、钾肥相比，油菜的需量相对较少，适量与过量的界限相差甚小，过量往往产生毒害。目前国内油菜生产中最常用的硼肥的硼吵（硼的钠盐），价格低，使用方便，含硼量11%，有效成分比硼酸少，但使用效果相同。此外，还有含硼复合肥料，如磷硼肥，或加氮、磷、钾、硼复合肥。由于这些元素都是油菜生长发育的必需元素，对油菜增产效果显著。
（2）硼肥作基肥直接施入土壤在油菜播种或移栽前，每亩0.5-1千克硼酸砂与其他肥料拌合作基肥施用，有利于满足油菜全生育期对硼素的需要，肥效长，且节约用工，在严重缺硼土壤，增产效果尤为显著。由于硼对种子发芽和幼根生长有抑制作用，应避免硼肥与种子直接接触。油菜既容易出现硼素缺乏症，也会因硼过量而发生毒害。因此施硼素过量，会降低出苗率，引起死苗，出苗后生长缓慢，后期角果减少，产量下降。
（3）喷施硼肥叶面喷施硼肥，对防治花而不实有很好的效果。喷施浓度（按硼肥重量）为0.1%-0.3%，即用硼砂0.1-0.3千克加水100千克配制成含硼水溶液，均匀喷施叶面。喷硼应选择晴天傍晚或早晨进行。因为这时相对温度大，气孔张开有利于油菜吸收到体内。在干燥和大风时不宜喷施。喷施后36小时内遇降雨应重新喷施。冬油菜喷硼的最关键生育是苗期和蕾薹期，花期和角果发育期喷施硼肥效果较差。这是因为苗期喷硼可促进根系生长，有利于花芽分化正常进行，蕾薹期喷硼，有促进薹茎延伸，不致使叶片因缺硼由绿变红，减弱光合作用，尤其是可以保证花蕾等生殖器官正常发育，避免发生花而不实。因此苗期和蕾薹期各喷硼一次，增产效果显著。此外，油菜移栽前1-3天，在苗床喷硼既有利于移栽后发根返青，又经济省工。叶面喷硼虽然有显著的增产效果，但在严重缺硼地区或土壤，如喷施次数少，喷硼常因不能及时保证油菜对硼的需要量，因而喷施效果低于基施硼肥。
（4）其他施硼方法每亩用硼酸10-15克或硼砂200克拌种或含硼水溶浸种12小时，有提高油菜产量的效果。但由于硼素对种子发芽有抑制作用，格用硼肥拌种浸种要慎重，一般情况下不宜使用。此外，在移栽油菜时，用0.1%的含硼水溶液蘸秧根，有一定增产效果。上述2种方法，具有技术要求严格、操作不便、费工的特点，故在生产上很少应用。
