果实上的生理性病害在番茄栽培中普遍存在，对产量及品质造成很大的影响。番茄果实的生理病害主要有下列几种。
一、大型畸形果
大型畸形果主要产生于花芽分化及发育时期，即在低温、多肥（特别是氮素营养过多）水分及光照充足的条件下，生长点部位营养积累过多，正在发育的花芽细胞分裂过旺，心皮数目过多，开花后由于各心皮发育的不均衡，而形成多心室的畸形果。
防治上要选用不易产生畸形果的品种，及时摘除畸形果，育苗期间温度不宜控制过低，水分及营养必须调节适宜。
二、番茄脐腐病
果实顶部腐烂，变为黑褐色，组织被破坏，凹陷。遇湿度大时，其上出现黑色霉状物，病果提早变红，但无商品价值。发生的主要原因是缺钙。生育期间水分供应失常也能造成脐腐病。
防治上宜采取的措施是：酸性土壤应施用石灰调节；施肥时注意维持土壤适宜浓度，不要施过量的化肥，增施有机肥，以改善土壤理化性质；尽量避免土壤高温及湿度的剧烈变化；坐果后，在易发生脐腐病的地块用0.4%～0.5%的氯化钙喷叶或喷1%的过磷酸钙、0.1%硝酸钙及爱多收6000倍液，从初花期开始，半月一次，连喷2次以减轻病害。
三、番茄空洞果
空洞果是果皮与果肉胶状物之间是空洞的果实。空洞果发生的主要原因有两个方面：一是开花时遇到低温，不能正常受精，形成空洞果。二是使用生长刺激素时，由于浓度过高或在蕾期处理而形成空洞果。此外，光照不足，幼果期温度过高，后期营养跟不上及结果期浇水不当，也会出现空洞果。
防治措施是：在番茄开花期要严格控制温度，白天适温为20～30℃，夜间15～20℃。合理使用生长调节剂，即激素处理的方法与浓度要适宜。一般采用15～20mg/kg的防落素在开花期喷施，防止落花。激素处理后，要加强肥水管理。采用配方施肥技术合理增施N、P、K肥。
四、豆果
豆果也叫僵果，果实坐住后，基本不发育，小如豆粒，大如拇指，僵化无籽的老小果实。发生的原因主要是温度过高或过低，授粉受精不良、光照不足，果实膨大所需的养分供应不上，或是许多外界条件和内在因素使果实不能吸收利用养分而出现症状。
防治措施是：①进行人工辅助授粉；②用番茄灵沾花。据观察，严冬温室栽培，果实生长后期易产生僵果，特别是长期阴雪天气，光照弱，夜温高，白天叶片制造的养分少，而夜间消耗又大，也易形成僵果。遇到这种情况，可在夜间补充光照，将夜温降至7～10℃，维持最低生长温度，减少消耗，使僵果减少。
五、裂果
番茄果实在发育后期易发生裂果现象。裂果有的以果蒂为中心，呈同心圆状裂开，有的以果蒂为中心呈放射状裂开，也有不规则的侧面裂果和裂皮。裂果的生理原因是果实表皮缺乏弹性，抵御不住来自果实内部的较强膨压。特别是果实在膨大初期的高温强光及土壤干燥的条件下，果肩部表皮老化，由于降雨或大量灌水，果实迅速膨大而产生裂果。
防治上宜选用抗裂品种，防止土壤干燥后骤湿，避免果实受强光直射，增施硼素肥料，增强果皮的可塑性。
六、番茄日烧病
在高温季节或高温条件下，由于强光直射，果肩部分温度上升，部分组织烫伤、枯死，产生日烧病。
防治措施是：采用圆锥架或人字架，绑秧时将果穗调到架内叶荫处，及时适度整枝打杈，保证植株叶片繁茂，防止强光直射果实。适当增施钾肥以增强其抗性。
