(一)番茄打杈、摘心和疏花疏果
番茄侧枝发生能力较强，去掉叶腋中长出的多余而无用的侧枝，即所谓打杈。这样可减少养分消耗，以保证主干或结果枝的正常生长和开花结果。
打杈不宜过早，过早会降低植株生长势，使植株早衰。适时打杈有利于增强植株中位和下位叶片的光合作用，改善田间群体结构。
摘心即打顶，当所留结果枝达到一定果穗数及叶片数时，将顶端生长点摘除。摘心应在花序上边留2～3片叶，这样既有利于果实生长，又可防止果实直接暴露在阳光下造成日灼。
结合打杈、摘心，应进行疏花疏果，以保证植株有一定结果数量，减少结果数过多而引起的营养不足，加快果实肥大，增加单果重，提高果实的整齐度，改善品质，提高商品性。番茄单株坐果数一般大果型品种每穗应留3～4个果，中果型品种应留4～5个果，小果型品种可留5个以上。
番茄栽培在花期应疏掉多余的花蕾及畸形花，坐果以后应疏掉果形不整齐、形状不标准及同一果穗发育太晚的果实，结合打杈摘心应打掉老叶、病叶，以改善植株下部的通风条件，并可减少病害的发生。
(二)番茄整枝方法
1.单干整枝法单干整枝法是目前番茄生产上普遍采用的一种整枝方法。单干整枝每株只留一个主干，把所有侧枝都陆续摘除打掉(即打杈)，主干也在具有一定果穗数时摘心(即打尖)。打杈时一般应留一片叶，不宜从基部掰掉，以防损伤主干。留叶打杈还可增加植株叶片数，促进生长发育，特别是靠近叶片的果实生长发育。摘心时一般在最后一穗果的上部留2～3片叶，不宜靠近果穗摘心，果穗上部如不留叶片，则这一果穗的生长发育将受到很大影响，甚至落花落果或果实发育不良、产量、品质显著下降。
单干整枝法植株枝叶少，适于密植、早熟栽培。但是单干整枝每亩用苗数量大，因而生产成本相对提高。
2.双干整枝法双干整枝是在单干整枝的基础上，除留主干外，又选留一个侧枝作为第二主干成为结果枝，故称双干，将其他侧枝及双干上的再生枝全部摘除。第二主干一般应选留第一花序下的第一侧枝。双干整枝的双干管理即所留第二个结果枝的管理，分别与单干整枝法的管理相同。
3.改良式单干
又称一干半整枝法。在主干进行单干式整枝的同时，保留第一花序下面的第一个侧枝，待其结1～2穗果后留2片叶摘心。该整枝法兼有单干和双干整枝法的优点。
4.换头再生整枝法。
一种是从基部换头再生，生产上也叫留二茬果。
具体作法是：
第一种在头茬最后一果采收完以后，在靠近地面10厘米左右处剪掉，然后加强肥水管理，大约10天左右即发新枝，选留1个健壮的枝条，采用单干整枝法继续生产，这种方法头茬果和二茬果的采收间隔相差70天左右。
第二种是从中部换头再生，生产上也叫留枝等果整枝法。
具体作法是，当主干上第三花序现蕾以后，上面留2片功能叶摘心，同时选留第二和第三花序(果穗)下部的侧枝进行培养，并对这两条长势强壮的侧枝施行“摘心等果”的抑制措施，即侧枝长出后1片叶摘心，侧枝再发生仅1枝以后，再留一片叶摘心，一般情况下如此进行2～3次即可。待主枝果实采收约50%～60%时，引放侧枝，不再摘心，让其尽快生长，开花结果，此时所留两条侧枝共留4～5穗果后摘心，其余侧枝均打掉。
第三种形式是从上部进行换头再生。
具体做法是：在主干上留3穗果后，在其上留2片叶摘心。其余侧枝留一片叶摘心。侧枝再发侧枝再留一片叶摘心。当第一穗果开始采收时或植株长势衰弱时，同时引放所有侧枝，并暂时停止摘心或打杈。
一般引放3～4个侧枝，并主要分布在第二穗果以上，中下部侧枝一般不作为结果枝保留。但当上部侧枝引放不出来时下部侧枝也可留作结果枝。留枝不宜太低，如太低，植株郁闭，通风透光不良，侧枝影响主干生长发育，主干也影响侧枝生长发育。一般要求主干和侧枝互不遮挡，以利于主干果实发育和侧枝开花结果。当几乎所有番茄植株都已引放出侧枝时，每个植株选留1个或2个长势壮、整齐、花序发育良好的侧枝作为新结果枝继续生产。其余侧枝留2片叶摘心。
随着新结果枝的生长发育，逐渐摘除下部的老叶、病叶以利于通风透光。新结果枝一般留2～3穗果后留2片叶摘心。新结果枝再发生侧枝则应及时打杈。该整枝法第三穗果和第四穗果的采收间隔期一般为15天左右。第四穗果采收后，还可再培养侧枝作为结果枝继续生产。
(三)整枝注意事项
(1)对于病毒病等有病植株应单独进行整枝，避免人为传播病害。
(2)第一花序下的侧枝，及其他侧枝，即使不留作结果枝，也不宜过早打掉，一般应留1～2片叶，用来制造养分，辅助主干的生长。如果影响通风透光时，应及时摘除。
(3)打杈摘心应选晴天进行，不要在雨天或露水未干时进行，以利于伤口愈合，防止病原茵感染。
(4)结合整枝应进行绑蔓及株形矫正。
