有菌播种也可分为直接播于兰盆和分离根菌播于培养基2种。
直接播种法
将兰花种子直接播在母株根部的盆土上。播前在母株盆面上，铺上一层水苔或青苔（最好是苔藓），水苔切碎，冲洗干净，然后将种子播在水苔上。利用母株根部的根菌而促进种子发芽和成长。这种方法简单，不需要播种设备，也无复杂的技术。但是兰花种子过小，肉眼不易看到，发芽时间很长，容易因一时疏忽将种子或幼苗冲掉或损坏；而且种子发芽率低（一般不超过10％），成苗率更少，故通常很少使用这种方法。
接种根菌的播种法
将兰花根部的根菌先分离出来，然后和种子同时播在培养基内。这是认为根菌能促进种子发芽和幼苗成长。这种方法现今很少人使用，因为分离根菌、保存和复壮根菌都是很麻烦和复杂的工作。而不用根菌，只要培养基合适也能获得成功。播种的方法与无菌播种一样。
