大棚蔬菜施肥与平时种菜施肥的最大不同是对施肥的要求更高。假若施用化肥不当，不仅会导致土壤板结，引起蔬菜肥害，而且还会使硝酸盐、亚硝酸盐含量超标。而这两种物质对人体健康有极大的危害。因此在大棚蔬菜生产上，一定要慎施化肥，科学施肥。
应多施有机肥，少施化肥。有机肥料养分含量齐全，肥效持久，施用后不仅能改良菜地土壤，还可为蔬菜提供多种养分，每亩大棚施有机肥至少要达到3立方以上。
要控制化学氮肥，增施磷钾化肥。氮肥虽然是大棚蔬菜生产中不可缺少的肥料，但也不能过量施用。而磷、钾作为品质元素，可参与蔬菜体内的一切生化反应，可活化蔬菜体内60多种酶，使蔬菜抗逆性能明显增强，因此应大量施用。另外在大棚蔬菜生产管理上，应适当增加掀棚、开窗的次数及时间，增强光照强度，以尽量减少蔬菜体内硝酸盐的含量。
需要禁止或限量施用的化学氮肥主要包括：
禁止施用硝态氮，如硝酸铵、硝酸钾以及含硝态氮的复混肥，减少蔬菜中硝酸盐的积累。
不宜施含氯化肥，如氯化钾、氯化铵等。氯离子能降低蔬菜中的淀粉含量，使品质变劣，产量降低，而且残留于土壤中易造成土壤脱钙，引起板结。
限量施用硫酸镁、硫酸铵类肥料。因为肥料中的硫酸根离子，不易被蔬菜吸收而留在土壤中，危害蔬菜生长。另外还要限量施用碳铵，因氨气挥发，容易引起氨害。
在实施测土配方平衡施肥的前提下，推广蔬菜专用型复合肥料。专用性肥料是根据不同蔬菜的需肥特点和土壤供肥状况而研制确定的，养分更齐全，营养更科学、配方更合理，针对性更强，施用后能显著提高大棚蔬菜产量和改善蔬菜品质。大力推广锌、钼、钙、镁等新化肥，这些营养元素能积极改进蔬菜品质，同样是蔬菜生长中不可缺少的。
大力推广生物化肥，特别要大力推广生物有机复合肥料。生物肥料含有微生物活化菌，它是由有机肥、无机肥、菌肥、增效剂复合而成的’四合一’肥料，实现了各种肥料的科学配方，优势互补，效益互促，是实现大棚蔬菜平衡施肥的最佳肥料之一。
限制使用激素。有些激素如赤霉素（920）、乙烯利、多效唑等，使用后虽可起到催熟、催长的作用，但可大大降低蔬菜品质，而且人们长久食用也会对身体健康不利，因此应少用这类激素。
