秋季，石榴树往往会萌发许多二、三次新梢，从而使树冠枝条密集，造成通风透光不良，造成果实增大慢、着色不良。因此，加强秋季修剪显得尤为重要。
一、疏枝剪除密生的、徒长的、有病虫的萌枝、萌蘖。要求疏枝后树冠下的光斑均匀分布于地面上，以占树冠投影面积的10％～15％为宜。对剪下的有病虫的果枝进行深埋或焚烧。
二、剪根在10月中旬至11月，即采果后至落叶前，对根系进行修剪。石榴树衰老的主要原因来自根系。因此，根据石榴树结果情况，逐年对根系进行修剪是十分必要的，可结合秋季扩穴增施有机肥。在树冠外围挖环状或平行沟（深度50～100厘米），切断部分直径小于1厘米的根，有利于根系再生和扩大。
