通过多年以温室塑料棚番茄的栽培调查，常见的病害主要有以下几种。
1.高温或低温危害
当塑料棚内温度达到35℃以上时，植株营养状况不良，落花落果增多，果实被太阳光直射的部位有日灼和发白的现象。高温干燥时，叶子向上卷缩，果皮组织变硬，易产生裂果现象；当温度连续在10℃以下时易产生畸形果，5℃以下时花粉死亡，导致大量落花，同时，受粉不良而形成畸形果，如果温度低于-3℃，植株就会被冻死。
防治措施：当棚内温度超过30℃时，应立即通风，防止高温危害；当有寒流出现时，要进行覆盖保温或棚内临时加温，防止冻害。
2.脐腐病
又叫蒂腐病、顶腐病、黑膏病等，其症状是：果顶腐烂，未成熟时就提前变黑，初期果实脐部出现暗绿色水渍状斑点，逐渐扩大变为褐色或黑色病斑，组织破坏。
主要防治措施，选用优良的抗病品种，采用地膜覆盖栽培；及时喷水和根外追钙肥。
3.畸外果
果实膨大后出现桃形、瘤形、歪扭、尖顶或凹顶、种子向外翻卷等症状。发生原因：花芽分化期遇到8℃以下持续性低温，加之苗木水分过多或氮肥过量使花芽细胞分裂旺盛，花蕊心皮形成多而造成果实畸形。
防治措施：要做好苗期温室管理，避免偏施氮肥及苗床过于潮湿。
4.空洞果
棚内易出现高温危害，使花粉子稔受精不完全、种子形成少，致使胎座组织的发育赶不上果皮部的发育而产生空洞果，种子形成过程中，要产生大量果胶物质，用来充实果腔。若种子形成太少，便会缺少大量的果胶物质、不能充实果腔，从而引起果实空洞；使用生长素时，若处理时期太早，浓度过大，种子更少，同样会导致空洞果的产生。针对空洞果的产生原因，采取有效的防治措施，要使正常花粉可育，提高种子的可育性，掌握好生长素处理花朵的时间和浓度，生长素处理花朵后应加强通风，及时浇水追肥，避免高温危害。
5.裂果
裂果现象呈多种多样，当果实表面失去弹性后，有的以萼片为中心呈同心圆状裂果，有的从萼片以放射线形裂果，有的从果的侧面裂开或果皮裂开。发病原因：在着色期阳光直射在果实表面上，使果实表面湿度升高，或土壤长期缺水干旱突然灌大水。
防治措施：晴天时盖上遮阳网，避免果实受阳光直射，打尖时上边留两片叶，结果期保持土壤湿润，严防土壤忽干忽湿。
6.僵果
在低温下，果实未能充分发育，生长迟缓尚未充分膨大就开始着色。发生原因是气温低、日照差、地温低、养分吸收不良等。
预防措施：提高地温、气温以促进养分吸收和体内代谢活动。
7.果实着色不良
番茄果实表皮的红色素在10-25℃的温度下开始显现；以20-24℃条件显现最快，故夜间温度过低或白天温度过高，光照又很强时都能阻止红色素的显现。
防治措施：适量通风，控制好温度、湿度。
