容器育苗与苗床育苗相比，不能施入基肥，否则会导致某些元素的浓度过高，造成死苗。一般只施以适量的堆肥，而追肥的效果也不错，即结合灌水施用速效性肥料。
容器育苗的施肥，通常是将含有一定比例的N、P、K养分的混合肥料，按1：200的浓度配成水溶液，通过灌水系统进行喷施或灌根。根据苗木各个生长期的不同要求，不断调整N、P、K比例和施用量，以达到最佳效果。
苗木生长一般分为出苗期、幼苗期、速生期和硬化期四个阶段。出苗期指幼苗刚出土的时期，从播种到幼苗地上部出现真叶、地下部出现侧根为止。出苗期的幼苗还不能自行制造养分，其营养来源主要靠种子内部贮存的营养物质。幼苗期是从幼苗地上部出现真叶、地下部生出侧根，到幼苗的高生长量大幅上升为止。这时幼苗对磷和氮较敏感，一般以偏施氮肥为主，以促进保苗和根系生长。速生期是苗木生长最旺盛的时期，从苗木的高生长量大幅上升开始，到高生长量大幅下降为止。这时是苗木地上部和根系生长量最多的时期，需要的肥水最多，可增加氮肥用量及次数，并按比例施磷钾肥，以促进氮的吸收和苗木生长。在后期为促进苗木硬化，提高其抗性，要适时停施氮肥。到了苗木地上部和地下部都逐渐木质化的硬化期，要防止徒长，停止施用肥料，提高苗木抗性。
灌根一般在傍晚进行，温度过高时不宜灌根施肥。施用农家肥必须充分沤熟，以免烧苗，还可杀死肥中的病菌和害虫卵。根外追肥一般一周1至2次，以清晨进行为好。根外追肥与根施相比，用量少，效率高，一般植物叶片8小时后可吸收60%的叶面肥。对某些微量元素，土壤施入往往无效，因此，可多采用根外追肥的方式，并将两种追肥方式配合进行。无论哪种方式，都应先淡后浓，一旦发现施肥过量，要尽快灌水冲淡。
不同种类的苗木对养分的需求量不同，为达到良好的施肥效果，对不同生长期和不同种类的苗木，需要确定施肥的最佳方案。
生物肥料对某些苗木的生长作用明显，如松树。不过松树用容器育苗时，菌根菌较难传播，应进行人工接种，将有菌根菌的土壤铺盖在容器土壤表面。一般菌根土应取自同种松树根系的周围。接种时间应选在松树种子发芽后一个月左右，如过早放入，幼苗侧根未形成，菌根菌没有寄主，往往就会失效。但豆料植物，如金合欢、合欢、紫荆、紫藤等，大都有可以固氮的根瘤菌，而磷肥在很大程度上可以促进根瘤菌的发展。因此这类苗木对磷肥的要求较高，对氮肥要求较低。
