百合害虫主要有蚜虫、金龟子等。另外，还有根结线虫、地老虎等危害。
蚜虫桃虫是植物上危害最普遍地一种蚜虫。预防治理：消灭越冬虫源，清除附近杂草，进行彻底清园清田。蚜虫危害期喷洒40%乐果或氧化乐果1200倍，或灭蚜松乳剂1500倍，或2.5%鱼精1000～1500倍。保护天敌即保护七星瓢虫、食蚜蝇及草蛉等。
蛴螬是金龟甲地幼虫，主要活动在土内能危害多栽种栽培物地幼虫是重要地下害虫。
预防治理：冬季深翻花圃及花坛土壤，可增加越冬虫体地死亡。危害期可浅施50%马拉松乳剂800～1000倍或马拉硫磷800～1000倍，都较好效果。
生物预防治理。目前国外用乳状菌，我国用金龟甲绿僵菌预防治理阔胸犀金龟均有较好地实验效果，是利用有益菌类预防治理地下害虫地良好开端。
