化肥利用率受施肥量、施肥种类、土壤特性、作物品种等许多因素的影响，在一些地方氮肥的利用率在20%～50%，磷肥的利用率在10%～30%，氮、磷的利用率很低.需要采取措施来提高化肥的利用率。只有使肥料得到很好的利用，才能降低成本，增加收益。
一、不同种类的肥料要采用不同的施用方法
施用氮肥要防止和减少氨的挥发损失。碳酸氢氨和硫酸氨较易挥发，应该深施、沟施或穴施，而后覆土。尿素可深施，若不便深施可结合中耕顺垄撒施，使肥土相融，2天后再浇水，若浇水过早，会使尿素随水流失，而降低肥效。
磷肥中，过磷酸钙是速效性肥料，所含的磷易被钙、铁离子固定。施用时应环绕作物根系穴施或开沟深施，以增加磷肥与作物根系的接触，便于吸收利用。
硫酸钾做基肥要深施，以防碱土层干湿变化迅速，引起钾素的晶格固定。氯化钾一般不做追肥，做基肥时，避免在忌氯作物上直接施用，可提前3～5d施用。
复合肥、磷酸二铵及三元素复合肥，施用时，既要避免氮素的损失，又要减少磷钾的损失。要开沟穴施后覆土，隔2～3d后小浇1次水为宜。
二、不同性质的土壤施用不同的方法
在砂性土壤中，磷肥全部做底肥，氮肥应一半做基肥，另一半生长发育过程中分期追肥，然后浇水量不能过大，避免大水漫灌后造成漏肥。
粘质土壤中，有水浇条件的可将磷肥及2/3的氮肥做基肥，1/3的氮肥分期追肥，无水浇条件的旱地，氮磷全部做基肥。
土壤施肥，要前后均稳，既要施足基肥，保证作物苗期有足够的肥料供应，又要在生育后期追肥，避免后期脱肥。
在土质肥沃的土壤中，要适当控制氮肥的用量，宜旱施，以防作物后期因氮肥过剩造成贪青晚熟，要增加磷、钾肥的用量。
三、因不同的作物不同的时期而施肥
各种农作物对养分的需要都有一个临界期和最大效率期。作物的营养临界期，一般处在作物的生长前期，尤其对磷的需要表现更为明显，在这时期要保证适量的养分供应。如小麦的氮临界期在分蘖期至幼穗分化期，磷的临界期在3～5片叶期。棉花的氮、磷临界期都在现蕾初期。在作物的最大效率期内，作物对某一种或几种养分的需要量最多，此时施用化肥最能发挥其增产潜力。小麦施用氮肥的最大效率期在拔节至抽穗期；玉米在喇叭口至抽穗期；棉花在全盛花至铃期。
有些作物对不同营养元素的敏感性不同。小麦、玉米、棉花、水稻对氮、磷、钾的需要量都较大，而豆类、油菜对磷比较敏感，薯类、花生、烟草等作物对钾比较敏感。农作物对其敏感的元素吸收利用率高。
四、要适量混合施用
生产中，最佳施肥期，以既节约肥料又获得最高产量为原则。肥料用量过大，不仅浪费肥料，甚至有的还会危害作物生长，造成产量损失。氮肥过量，作物徒长，抗病及抗倒伏能力下降；还会造成贪青、晚熟，产量、品质下降。磷肥过量，生育期则会缩短，产生早熟，同时也会造成产量及品质下降。磷肥中的过磷酸钙施过多，还会形成碳酸钙这种不溶的固体物质，改变土壤的理化性状。
各种养分都有其不可替代的作用，如果缺少某一种养分时，尽管其它养分得到满足，作物的生长发育也会受到影响。如果缺氮时会影响作物对磷钾的吸收，如果缺磷时会减少对氮、钾的吸收，缺钾时不利于氮的吸收。因此在施用肥料时，要注意各种肥料配合施用，使各种养分互相作用，共同促进作物生长。各种肥料间的配合数量和比例根据土壤肥力和作物的需肥特性而定，在总体上氮、磷的比例为1∶0.7。在肥料混合时要注意不能将混合时会产生不良作用的肥料混在一起。如磷酸铵不能和草木灰等碱性肥料混合，尿素不能和氯化钾久放等。
化学肥料，肥效快；有机肥料，肥效持久。化肥和有机肥混合施用，能够相互补充，满足作物整个生育期对养分的供应，还可利用有机肥的缓冲和持肥能力，来减少化肥养分的损失，从而提高化肥的利用率。农民施肥时要掌握：施足基肥（一般以有机肥和二铵为主）；分期追肥（化学肥料）适期，适量合理混合的原则。
