棚室蔬菜栽培在人工设施环境下进行，与露地栽培的坏境条件有根本区别，既有利于蔬菜周年生产和供应，也为病虫害的发生流行提供了良好的条件。随着棚室栽培的迅速发生展，使病虫害种类显著增加，为害程度明显加重，并为露地蔬菜提供了菌源和虫源。
1、土壤对病虫害发生的影响
土壤是蔬菜的根系环境，也是多种病原菌越冬场所。在正常情况下，土壤中的病原菌和大量的有益微生物保持一定的平衡。棚室栽培的蔬菜种类比较单一，栽培面积有限，轮作倒茬困难，连作不可避免。由于蔬菜根系的分泌物质和病根的残留，使土壤微生物逐渐失去平衡，病原菌数量不断增加，诱使病害发生。棚室土壤比露地土壤光照少，温度和湿度高，病原菌增殖迅速，生产中又缺乏抗病品种，土传根病随连作年限增多而加重，例如新建棚室发生瓜类枯萎病后如不及时采取有效防治措施，一般从零星病株到变更遍发病只需4–5年时间。在大型连栋温室中，果菜类根结线虫病只需3–4年，病株率可达100%，减产50%以上，严重威胁多种蔬菜生产。近年来茄果类青枯病、茄子黄萎病分布地区的扩大和为害加剧也有类似原因。
多种病原菌随病残体在土壤中越冬，成为翌年的初侵染源，是蔬菜病害发生流行的重要环节。露地环境病菌死亡率高，在蔬菜生长季节才能侵染，发病迟、为害轻，有的病害只在局部地区季节性流行。在棚室栽培下，病菌既可安全越冬，又能周年发生，已成为发展棚室蔬菜生产的大敌。如瓜类炭疽病、细菌性角斑病、蔓枯病，黄瓜、甜椒、韭菜疫病，番茄早疫病、叶霉病，豇豆和菜豆锈病，没菜黑斑病，芹菜斑枯病，多种蔬菜菌核病、灰霉病等。此外，引起菜苗猝倒病、立枯病的病菌，既可在土壤中越冬，又能营腐生生活，故常在老式育地苗的苗床严重发生，甚至毁苗，延误农时。
地下害虫如蝼蛄、韭蛆等，也因棚室和苗房土壤温暖、潮湿、疏松肥沃而发生早、数量多、为害烈。
2、空气湿度对病害发生的影响
棚室在寒冷季节、夜晚密闭保温条件下，空气相对湿度可达90%-100%，棚室屋面、壁面结露后可散落在植株上。黄瓜、番茄等蔬菜热容量大，叶面和果实可以形成水膜，造成高湿的环境，对蔬菜生长发育不处，其抗病性降低，却适宜多种病原真菌、细菌的萌发、侵染和繁殖。黄瓜霜霉病菌，必须在叶面结露3小时以上，才能萌发、侵入寄主。病害一旦发生，传播、蔓延迅速，常引起流行，造成减产甚至绝收。上面列举的多种病害为害加重，均与高湿环境有密切关系。
3、温度对病虫害发生的影响
蔬菜与病原菌长期协同进化的结果，适宜蔬菜生长的温度环境，通常可以引起发病，棚室温暖的条件，一般不成为病害发生流行的限制因素，害虫和螨类属于一类变温动物，外界环境温度直接影响它们的体温及其生命活动。温度对害虫分布地区及发生为害的影响比湿度更重要。温室白粉虱在北方寒冷地区不能在露地过冬，70年代以来随着棚室面积增加，可在冬季温室中继续繁殖为害并形成虫源基地，已发展成为蔬菜的主要害虫。茶黄螨也有相似的发展过程。而瓜蚜、桃蚜、红蜂蛛可在露地越冬，又能在棚室继续繁殖，其发生为害呈上升趋势。
4、寄主对病害发生的影响
番茄晚疫病菌只侵染番茄和马铃薯，70年代以前露地番茄的菌源来自马铃薯，北方菜区仅在个别年份气象条件适宜时发生，危害性较小。随着秋冬春季棚室番茄栽培面积迅速增加，该病为害逐年加重，还为露地番茄提供了大量菌源，成为全年常发性的主要病害之一。京郊1979—1987年番茄晚疫病几次大流行，其中棚室提供大量菌源是重要原因。在50—-60年代，黄瓜霜霉病是冬春季加温温室黄瓜主要病害，70年代后随棚室栽培发展，黄瓜等瓜类蔬菜全年种植，病源逐渐增加，使该病成为发生面积最广、为害最大的病害。
发展棚室蔬菜栽培对病虫害发生动态的影响，是人们生产活动所带来的结果。生产中盲目引种和调种，可直接使危险性病害迅速传播、蔓延。例如，黄瓜黑星病原在东北零星发生，但前些年已在东北3省26地、市暴发流行，重病棚损失达70%以上，苗期严重发生则毁苗、绝产。目前山东、河北、山西、内蒙古、北京、海南6省已有局部发生，并有向外扩散蔓延的趋势。但是，棚室的环境条件不是对各类病虫害的发生都有利。蔬菜的病毒病是发生普遍、为害严重而难以防治的一类病害，在棚室中主要发生在夏秋播的番茄、甜椒及越冬的菠菜等蔬菜上，其为害程度一般低于同期露地栽培。西葫芦在大棚春季栽培，当夏季商温季节病毒病流行时已基本收获，只要做好当前期的防治工作，比露地栽培的病情和为割明显减轻。
