一、植株的不同
藿香蓟为一年生草本，高50到100厘米，但少数植株会不足10厘米，没有明显的主根，茎部比较粗壮。
藿香是多年生草本植物，茎比较直立，高度在50到150厘米，上面部分有极其短的细毛，下方无毛。
二、叶片的不同
藿香蓟叶片对生，上部分可能会有叶片互生，叶片形状为卵形或者长圆形。
藿香叶片长度大约在4.5到11厘米，宽为3到6.5厘米，叶片边缘有比较粗的齿状裂口，几乎没有小毛的分布，叶柄大约长1.5到3.5厘米。
三、花朵的不同
藿香蓟花朵一般排列紧密，极少数有松散的伞房花序样式的，花梗长大约0.5到1.5厘米。
藿香的花序为圆筒形穗状花序，长度大约在2.5到12厘米，花梗极短，一般为3毫米左右。
