大蒜的休眠期一般有2～3个月，低温与干燥是保持休眠的有利条件。大蒜贮藏适宜温度是-1～-3℃，空气相对湿度不超过85％，休眠期后，控制零下低温及干燥的贮藏条件可抑制萌芽及生根。北方大蒜可忍受-7℃低温，高于5℃易萌芽，高于10℃易烂。温度过低易使大蒜受冻。
留种大蒜的贮藏条件与食用大蒜不同，可以采取高温贮藏，以15℃左右室温，空气相对湿度不超过70％的干燥条件为宜，这有利于提高大蒜的种性。如果冬季确保稳定的低温-1-3℃，当播前40天再给予高温（18～20℃）处理，也能收到同样效果。
适期收获是贮存蒜的重要条件。收获过晚大蒜鳞片易干裂，并促使小芽萌动生成，对贮藏不利。收获后需给予高温干燥条件，促使蒜头迅速干燥及进入休眠。最好曝晒或人工干燥，创造30℃以上的高温，50％左右的空气相对湿度，以加速蒜头干燥。
大蒜的贮藏，多在通风库内编辫码或悬挂，少量贮藏可放在冷凉的室内，避免受潮受冻。
