果实上的生理性病害在番茄栽培中普遍存在，对产量及品质造成很大的影响。番茄果实的生理病害主要有下列几种：
一、大型畸形果
大型畸形果主要产生于花芽分化及发育时期，即在低温、多肥?特别是氮素营养过多?、水分及光照充足的条件下，生长点部位营养积累过多，正在发育的花芽细胞分裂过旺，心皮数目过多，开花后由于各心皮发育的不均衡，而形成多心室的畸形果。因此在生产上宜选择不易产生畸形果的品种，及时摘除畸形果，育苗期间温度不宜控制过低，水分及营养也须调节适宜。
二、番茄脐腐病
果实顶部腐烂，变为黑褐色，组织凹陷。遇湿度大时，病斑上出现黑色霉状物，病果提早变红，但无商品价值。发生的主要原因是缺钙。生育期间水分供应失常也会造成脐腐病。
预防脐腐病的措施是：施用石灰调节酸性土壤，施肥时注意维持土壤适宜浓度，不要施过量的化肥，增施有机肥，以改善土壤理化性状；尽量避免土壤温、湿度的剧烈变化；坐果后，在易发生脐腐病的地块用０．４－０．５％的氯化钙喷叶或喷１％的过磷酸钙、０．１％硝酸钙及爱多收６０００倍液，从初花期开始，半月一次，连喷２次。
三、番茄空洞果
空洞果是果皮与果肉胶状物之间有空洞的果实。空洞果发生的主要原因有两个方面：一是开花时遇到低温，不能正常受精，形成空洞果。二是使用生长激素时，由于浓度过高或在蕾期处理不当而形成空洞果。此外，光照不足，幼果期温度过高，后期营养跟不上及结果期浇水不当，也会出现空洞果。
防治措施是：在番茄开花期要严格控制温度，白天适温为２０－３０℃，夜间１５－２０℃。合理使用生长调节剂，即激素处理的方法与浓度要适宜。一般采用１５－２０毫克／公斤的防落素在开花期喷施，防止落花。激素处理后，要加强肥水管理。采用配方施肥技术合理增施氮、磷、钾肥。
四、僵果
僵果也叫豆果，坐果后，基本不发育，小如豆粒，大如拇指，僵化无籽。发生的原因主要是温度过高或过低，授粉受精不良、光照不足、果实膨大期所需的养分供应不上，或是许多外界条件和内在因素使果实不能吸收利用养分而出现症状。
防治措施是：①进行人工辅助授粉。②用番茄灵沾花。据观察，严冬温室栽培，果实生长后期易产生僵果，特别是长期阴雪天气，光照弱，夜温高，白天叶片制造的养分少，而夜间消耗又大，也易形成僵果。遇到这种情况，可在夜间补充光照，将夜温降至７－１０℃，维持最低生长温度，减少消耗，使僵果减少。
五、裂果
裂果有的以果蒂为中心，呈同心圆状裂开，有的以果蒂为中心呈放射状裂开，也有不规则的侧面裂果和裂皮。裂果的生理原因是果实表皮缺乏弹性，抵御不住来自果实内部的较强膨压。特别是果实在膨大初期的高温强光及土壤干燥的条件下，果实迅速膨大而产生裂果。防治上宜选用抗裂品种，防止土壤干燥后骤湿；避免果实受强光直射；增施硼素肥料，增强果皮的可逆性。
六、番茄日烧病
在高温季节或高温条件下，由于强光直射，果肩部分温度上升，部分组织烫伤、枯死，产生日烧病。
防治措施是：采用圆锥架或人字架，绑秧时将果穗调到架内叶荫处，及时整枝打杈，保证植株叶片繁茂，防止强光直射果实。适当增施钾肥以增强其抗性。
